Kirchengemeinden können sich dazu entschließen, geflüchtete Menschen und Menschen ohne sicheren Aufenthalt in Deutschland in ihren Räumlichkeiten Schutz zu gewähren. Die Schutzfunktion beruht dabei lediglich auf der stillschweigenden Zustimmung der Behörden im Rahmen einer Abschiebung Kirchenräume nicht zu betreten. Eine gesetzliche Grundlage für Kirchenasyl gibt es nicht.
Wenn Menschen von einer Kirche aufgenommen werden, wird das der zuständigen Behörde im Normalfall mitgeteilt. Damit wird offiziell ein Untertauchen der aufgenommenen Person vermieden. Aus diesem Grund wird Kirchenasyl häufig bei Dublinfällen (Menschen, die erstmals in einem anderen EU Land registriert wurden, sodass dieses Land nach der Dublin III Verordnung für das Asylverfahren zuständig ist) angewendet, da hierbei durch Bekanntgabe des Aufenthaltsortes der untergebrachten Person die Dublinüberstellungsfrist nicht verlängert wird.
Aufgrund mangelnder Kapazitäten ist es Kirchen meist nicht möglich, Menschen mit langen Überstellungsfristen, beispielsweise bei Fristverlängerungen in Dublinfällen, aufzunehmen. Für solche Fälle ist hingegen auch das Soliasyl geeignet, da bei einer bereits erfolgten Fristverlängerung ein Verschweigen des Aufenthaltsortes nicht zu weiteren das Verfahren negativ beinflussenden Konsequenzen kommt.